Introducing the YUI Compressor のツールで prototype.js （ 96311 バイト）を圧縮すると。
% java -jar yuicompressor-1.0.jar prototype.jsprototype-min.js( 58672 バイト )というファイル名に変換され約４割圧縮する事が出来た。
jscsscomp というツールも試してみましたが、私の環境では、prototype.js の圧縮でエラーになった。 しかしこのツール本来であれば複数のCSSやJavaScriptを１つにまとめる事も出来るのでなかなか面白い。